07/08赛季对巴拉克来说注定是苦涩的，社区盾杯亚军、联赛杯亚军、英超亚军、欧冠亚军和欧锦赛亚军。五个亚军再次让巴拉克成为了千年老二的代表，对巴拉克来说一扫阴霾的最好方式就是在新赛季取得好成绩。

08/09赛季切尔西再次迎来变化，斯科拉里带着他的爱徒德科来到了斯坦福桥。但这并未撼动德国人的主力位置，只不过伤病成为了他最大的敌人。在英超首轮4:0大胜朴茨茅斯的比赛中，巴拉克在比赛第38分钟因伤下场。虽然在英超次轮带伤上阵踢满全场，但这也加重了他的伤情，巴拉克因此缺席了第三第四轮英超和两场国家队世预赛的比赛。

当年9月16日欧冠首轮大胜波尔多的比赛中，巴拉克替补出场完成复出。但好景不长，10月11日世预赛对阵俄罗斯的比赛中巴拉克虽然打入一球帮助球队2:1拿下对手，但他的右小腿肚再次受伤。虽然坚持踢完了15日与威尔士的比赛，但伤势加重还是让他缺席了10月份剩余比赛和11月初的几场比赛。

也就在这段时间，巴拉克在国家队的地位开始出现微妙变动。因为不满好友弗林斯在国家队比赛坐在替补席，巴拉克在接受媒体采访时直接炮轰主帅，加之本就和领队比埃尔霍夫不对付，一时间巴拉克要被剥夺队长袖标逐出国家队的传言不绝于耳。虽然在德国足坛各方施压下，这事以两人和解告终，但芥蒂不可能就此轻易消失，德国队内部的暗流涌动也未停止。

2009年4月1日，在世预赛客场2:0战胜威尔士的比赛中，巴拉克为球队首开记录。但赢了球的巴拉克根本开心不起来，比赛第73分钟，波多尔斯基一次违背战术的自由发挥惹来了队长巴拉克的不满。结果波多尔斯基也不是善茬，直接和巴拉克吵了起来，甚至在众目睽睽之下扇了巴拉克一个耳光。

让人有些意外的是德国足协对这件事的处理方式，面对如此恶劣的事件，波多尔斯基竟然没有受到惩罚，两人最终也和解。这样的处理方式很明显是在削弱巴拉克的权威，巴拉克在国家队的日子也越发难过。

在国家队不顺的巴拉克回到俱乐部后同样遇到了糟心事。由于率队战绩太差，斯科拉里被炒了鱿鱼，希丁克成为了临时主帅。不得不说神奇教练还是有点水平，在他的率领下切尔西的表现有所反弹，欧冠也顺利闯入四强。但2009年5月6日主场和巴萨的半决赛次回合却让包括巴拉克在内的所有蓝军人愤怒不已。主裁判赫宁的“精彩发挥”让蓝军在斯坦福桥遭遇了不公正对待，最终止步半决赛。而巴拉克咆哮着追逐赫宁讨要说法的一幕也成为了这场比赛的一个经典镜头。

巴拉克在这个赛季代表切尔西出场46次，打进4球，助攻6次。虽然没能拿下欧冠和英超冠军，但足总杯夺冠还是让巴拉克稍稍感到些许安慰。

09/10赛季，切尔西迎来了新帅安切洛蒂。在安胖的率领下，切尔西焕发了新生，先是在社区盾杯中通过点球大战战胜曼联夺得冠军。接着又在英超成功登顶，夺回了阔别三个赛季的英超冠军。巴拉克这个赛季出场45次，打进5球，助攻8次，在效力蓝军的第四年终于捧起了英超冠军。

这年5月15日，巴拉克还有一项荣誉去争取，那就是足总杯冠军，但这一天却成为了巴拉克的噩梦。比赛第44分钟，大博阿滕一次野蛮的犯规直接让巴拉克重伤下场。由于伤情严重，巴拉克将无缘当年在南非举办的世界杯。

这次重伤也让巴拉克的切尔西生涯结束，他与切尔西的合同在10年夏天到期，双方也未完成续约，一番思索后巴拉克决定叶落归根回到德甲加盟勒沃库森。尽管已经34岁，但巴拉克还是想大干一番，奈何现实是残酷的。首先就是德国队队长之争，巴拉克的受伤让拉姆成为了德国队在南非世界杯上的队长。按照巴拉克的想法，拉姆只是临时队长，自己康复了就该归还队长袖标。但拉姆却拒绝交还队长袖标，而勒夫和德国足协又是支持拉姆这一举动，因为此时的巴拉克已经不在重用，南非世界杯在没有巴拉克的情况下德国队掀起了一场青春风暴，交出了不错答卷。这让本就和巴拉克不对付的人们有底气拿下巴拉克了，自此巴拉克再未为国家队出战，国家队数据也停留在了98场42球19助攻。

不知道是因为输掉了队长之争让巴拉克备受打击，还是常年的伤病让巴拉克的身体早已不堪重负，重回勒沃库森后的巴拉克表现出现了断崖式下滑。10/11赛季，巴拉克各项赛事出场20次，只打进2球助攻1次，其中德甲出场17次（1.346'），只有1次助攻。11/12赛季巴拉克出场25次（1.707'），打进3球，助攻3次，其中德甲18场2球1助攻。

和勒沃库森合同到期后巴拉克成为自由球员，2012年10月2日，36岁的巴拉克宣布退役。